Setiap desa atau daerah pasti memiliki sejarah dan latar belakang tersendiri yang merupakan pencerminan dari karakter dan pencirian khas tertentu dari suatu daerah. Sejarah Desa atau daerah sering kali terluang dalam dongeng-dongeng yang diwariskan secara turun temurun dari mulut ke mulut sehingga sulit untuk dibuktikan kebenarannya. Dan tidak jarang dongeng tersebut dihubungkan dengan mitos tempat-tempat tertentu yang dianggap keramat. Dalam hal ini Desa Kedunganyar juga memiliki hal tersebut yang merupakan identitas dari desa ini yang akan kami tuangkan dalam kisah-kisah dibawah ini.
Desa Kedunganyar terdiri dari lima dusun yaitu
- Dusun Gununganyar
- Dusun Wadung
- Dusun Patoman
- Dusun Burengkidul
- Dusun Jubel
Pada zaman dahulu terdapat kedung yang sangat dalam di sungai mas yang persisnya di Dusun Wadung yang sekarang selatan Balai Dusun Wadung. Pada waktu itu ada seseorang yang kehilangan wadung/kapak anyar/baru di tempat tersebut karena kedung nya yang sangat dalam maka orang tersebut minta bantuan pada orang lain dan dengan singkat kapak /wadung yang baru /anyar tersebut dapat diketemukan. Maka pada saat itulah warga beramai ramai melihat hal tersebut dan mengatakan wadung anyar ditemukan di kedung.
Sejak saat itulah Kedunganyar dijadikan nama Desa oleh pendiri / sesepuh Desa KEDUNGANYAR . Adapun kepala desa yang pernah menjabat hingga sekarang adalah sebagai berikut:
- Masa kepemimpinan Bpk. KELAR UTUMO
- Masa kepemimpinan Bpk. DJONO
- Masa kepemimpinan Bpk. BRAHIM
- Masa kepemimpinan Bpk. SUKIRMAN
- Masa kepemimpinan Bpk. BUDIONO
- Masa kepemimpinan Bpk. B I A D I
- Masa kepemimpinan Bpk. SAHAR
- Masa kepemimpinan Bpk. Ir.AKHMAD HARIYONO
- Masa kepemimpinan Bpk. SUPRIYANTO